蛋白組學針對的是全體蛋白，主要以2D-Gel和質譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。研究理念和基因組類似，將蛋白用特定的化學手段分解成小肽段，在通過質量反推蛋白序列，而后進行搜索，標識已知未知的蛋白序列。

所以目前很多研究都開始使用交叉驗證方法，無論如何，都需要對數(shù)據(jù)進行分析，有經(jīng)驗的分析往往能化腐朽為神奇。